La sezione di Chirurgia è punto di riferimento per il trattamento di patologie malformative individuate precocemente tramite la diagnostica prenatale. La diagnosi in utero e la terapia delle anomalie sono oggetto di valutazione collegiale sistematica da parte di tutti gli specialisti (ostetrici, chirurghi, neonatologi, cardiologi, neurologi, radiologi, anestesisti, ortopedici, psicologi, otorinolaringoiatri, chirurghi maxillo-facciali, oculisti) ancor prima che avvenga il parto.

L'Unità Operativa di Chirurgia tratta malattie e malformazioni dell'apparato gastro-intestinale, urinario, toracico, patologie rare e traumatologiche in bambini ed adolescenti, ed è attualmente centro di riferimento nazionale per i pazienti disabili con patologie chirurgiche. A questi bambini è possibile offrire un approccio diagnostico e terapeutico multidisciplinare (ORL, Ortopedico, Maxillo-facciale, eccetera), simultaneo, in brevi tempi, nell'ambito della medesima degenza, utilizzando tecniche mini-invasive.

Oggi la Direzione del Dipartimento Chirurgico è affidata al dott. Jürgen Schleef, di nazionalità tedesca, pioniere della chirurgia mini-invasiva in età pediatrica e neonatale.